הניקוד התפתח במאות 9-7 לספירה כדי לסמן ענייני הגייה שונים שלא באו לידי ביטוי בכתיב של התנ"ך. בתקופה זו נוצרו שלוש שיטות ניקוד עיקריות: השיטה הטַבְרָנִית (=בטבריה), השיטה הארץ-ישראלית (=בירושלים) והשיטה הבבלית (=בבבל). כל שיטה התבססה על דרך קריאה מסוימת ונבדלה מן האחרות בכמה פרטים הקשורים במבטא.

הניקוד הבבלי - נוצר בתקופת הגאונים בבבל, סימניו באים מעל האותיות, והם מציינים שש תנועות (אין הבדל בין סגול לפתח). חטפים לא מסומנים, ואין סימון לשווא נח. יהודי תימן הם העדה היחידה ששימרה את המבטא של היגוי זה.

שיטת הניקוד הבבלית בהשוואה לשיטה הטברנית שלנו (לחצו לפירוט)

הניקוד הארץ ישראלי - נוצר בארץ ישראל, לא ברור בדיוק היכן. נהוגים בה שבעה סימנים לחמש תנועות, הקמץ והפתח מתאחדים לתנועה אחת, כך גם הצירה והסגול. הגייה זו היא ההגייה המקובלת בימינו. גם בשיטה זו אין חטפים וסימון לשווא נח. סימני הניקוד בשיטה זו מסומנים ע"י קו ושתי נקודות בצירופים שונים מעל האותיות.

הניקוד הטברני - הניקוד המוכר לנו כיום. הניקוד הזה משקף את מסורת ההגייה שהכירו חכמי טבריה בתקופתם. קשה לדעת עד כמה הוא משקף את ההגייה הקדומה של תקופת המקרא. כללי בג"ד כפ"ת למשל לא היו קיימים, ככל הנראה, עד לתקופה מאוחרת מאוד. גם האבחנה בין ש' ימנית ל-ש' שמאלית עברה תהפוכות.

במאה העשירית לספירה התקבל הנוסח המוסמך של המקרא (כולל ניקוד וטעמים לפי השיטה הטברנית), הוא "נוסח בן אשר".

חוק ניקוד ההברות; כללי החטפים.